实验室设学术委员会，负责实验室的学术评审和决策。 其主要职责是确定实验室的研究方向，制定开放基金、审定基金研究课题并决定资助经费额度， 组织论文答辩或成果评价，审议实验室的年度研究工作报告和其他重大学术活动。 学术委员会由国内外计算科学和相关学科中造诣深、水平高的科学家组成， 同时也吸收学术上有创新、开拓能力强的年轻学者参加。实验室所在的武汉大学的研究人员不超过委员总数的三分之一， 每届任期5年，并不超过两届。
| 职务 | 姓名 | 单位，职称 |
| 学术委员会主任 | 张平文 | 武汉大学，院士 |
| 学术委员会成员 | 包刚 | 浙江大学，教授 |
| 学术委员会成员 | 陈化 | 武汉大学，教授 |
| 学术委员会成员 | 陈志明 | 中国科学院系统与数学科学研究院，院士 |
| 学术委员会成员 | 鄂维南 | 北京大学，院士 |
| 学术委员会成员 | 黄云清 | 湘潭大学，教授 |
| 学术委员会成员 | 江松 | 计算数学与应用物理研究所，院士 |
| 学术委员会成员 | 金石 | 上海交通大学，教授 |
| 学术委员会成员 | 汤涛 | 南方科技大学，香港浸会大学，教授 |
| 学术委员会成员 | 袁亚湘 | 中国科学院，院士 |
| 学术委员会成员 | 赵会江 | 武汉大学，教授 |
| 学术委员会成员 | 邹军 | 香港中文大学和武汉大学，教授 |
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